蹲式马桶和坐式马桶有着各自不同的优点，如果属于有洁癖的人建议使用蹲式马桶，蹲式马桶在使用过程中不会与皮肤接触更加卫生，不会产生心里压力，蹲式马桶容易得痔疮，脱肛等肠道疾病。家中有老年人、孕妇、高血压或是低血压患者最好选择使用坐式马桶，这样不会由于使用蹲式马桶浪费体力，造成血液流通不畅，加重病情等问题。
坐式马桶在舒适度、健康、安全性等方面更加比较合适老年人、孕妇等行动不便的人士使用，但坐式马桶与皮肤直接接触，卫生方便会差一些，如果使用坐式马桶一定要定期进行消毒和清洗，坐式马桶在使用时十分节省力气，经常许多人一坐就很长时间，甚至当消遣一边看报纸一边方便，这样很容易造成痔疮等问题。