第一步：拔去电源插头，取下水桶。清除饮水机腔内所有的剩余水，由于饮水机排污管里的剩余水是导致饮水机二次污染的关键，所以要先打开饮水机后面的排污管排净里面的余水，然后再打开所有饮水开关，放去饮水机腔内的剩余水。 第二步：用干净镊子夹住消毒的酒精棉球，仔细擦洗饮水机“聪明座”。通常饮水机的这些部位直接与空气接触，很容易积聚细菌。用消毒的酒精棉擦洗，既能去除上面的污垢，还能为下一步消毒做准备。 第三步：一般的家用饮水机腔体的容量为2000毫升左右，将300毫升消毒剂溶解在2000毫升左右的水里，再充盈整个腔体，10-15分钟后打开饮水机包括排污管和饮水开关排出消毒液。 第四步：将7000-8000毫升的清水连续冲洗饮水机整个腔体后打开所有开关排净冲洗液。 第五步：用消毒的酒精棉花擦洗饮水机水龙头开关处的后壁。 第六步：由于饮水机刚消毒完毕，还可能有微量的消毒液残留，所以不能马上饮用。先应该接一杯水闻闻有没有消毒剂的味道，如果有，就需要不断放水，直到水中闻不出气味才可以放心地喝。
如果是用了很多年没清洗，建议就不要清洗了。因为加热丝已经附着了很厚的水垢，多年来已经很结实，很多时候，猛子一清洗把水垢洗掉很容易造成加热丝加热不均，加热不均长时间会把加热丝烧出裂口而漏电。
每台饮水机的附件都配有专门的清洗剂，步骤（打开聪明座，将清洗剂倒入水罐，然后倒入适当的水，浸泡30分钟左右，旋紧聪明座，左右摇晃饮水机，注意动作不要太猛烈。打开背板后的排污阀，将污水排干净。在倒入纯净水，清洗。