一般首次使用最好清洗下。将自来水龙头、自来水进水球阀、净化水龙头全部打开，冲洗15分钟直到产水清澈无泡沫为止。冲洗过程中频繁的开关自来水龙头(关3秒、开10秒)使水流形成脉动式的冲击，会使冲洗效果更好。之后关闭排污水龙头，打开净化水龙头，制水5分钟后可正常使用。
水是生命之源，人们对于水的质量一直很重视，因此，净水机也就很受市场欢迎。当然，净水器确实为我们提供了安全高质量的水源，但是它自身的污垢却无法去除。方法一：臭氧杀菌法；在清洗的时候将净水机中剩余的水全部排出，将消毒机的接口和净水器的入水口对接，通过输入臭氧，在净水器的内胆中经过20分钟左右的熏蒸，在加入水，放出少量的水，臭氧在几个小时就会分解为氧气、水和二氧化碳，对人体无害，经过用臭氧处理过的净水机，就可以保障内部的卫生了，通常1-2小时人们就可以喝上干净无公害的水了。方法二：药片、消毒剂清洗法；这种方法是可以在家中自行进行的，购买了去污泡腾片或专用消毒剂，溶解在水中形成消毒液，然后在讲净水机中剩余的水排出，用消毒液擦洗净水器的各部位，其他的消毒液灌入内胆，一般15-20分钟，打开净水器的开关和排污管，排尽消毒液，再使用7、8升左右的清水冲洗净水机的内胆，在冲洗过程中一定要冲洗干净以免留下残留，在溶解药片形成消毒液时一定要按照药物说明进行。方法三：加压过滤法；这种方法通过专业家用净水器清洗机械来进行，将清洗机的两端分别接到净水器的入水口，和净水器下部的排水口，这样就形成一个闭环循环，然后加入专用消毒清洗剂。利用清洗机械的循环压力，可以充分达到清洗，然后通过机械压力可以水质或者是水垢完全排出。
清洗净水器要注意以下几点：
(1)当超过三天不使用净水器，再次使用时应对净水器先顺冲洗2-5分钟，直到净水器内的存水排尽为止;(2)在自来水停水的情况下，请先打开排污水龙头将自来水管内的泥沙、铁锈等排尽后，再打开净化水龙头使用净水;(3)净水器发生故障时请立即关闭自来水进水阀，切断净水器的进水，请勿自行拆卸。