金叶水杉具有“祛风燥湿，活血止痛”的功效。叶片及果实具有清热解毒，消炎止痛的功效；现代药理学研究表明，其含有的多种黄酮类化合物，具有抗心肌缺血、心律失常和心肌肥厚等作用；同时具有抗大鼠血小板聚集和改善血液流变性的作用。水杉叶片挥发物中，含有大量镇咳、祛痰、平喘及消炎等作用的活性成分，其间主要是a－蒎烯、反式－丁香烯和日桂烯等。据《中国中药资源志要》记载,水杉叶、种子有清热解毒、消炎止痛之功效,用于痈疮肿痛、藓疮等症;《名医别录》将其列为中品,谓煮汤洗,可治臁疮;《本草纲目拾遗》载杉木油治一切顽癣。另外，其种子挥发油对8种植物病原真菌均有一定的抑制作用，在园林植物配置中，可不同程度减少预防同园植物部份病害的发生。其叶片、种子挥发油中含有的多种活性成分及抗菌作用，不管是在医药化工还是农业应用等方面，都有着广阔的应用前景。