硅藻泥在使用时也存在一定的缺陷，不注意这些缺陷，就会给环境美化带来负面作用，影响家居美观。
*硅藻泥怕水，我么都知道很多墙面漆都是防水的，家里墙壁脏了，可以用湿抹布直接擦拭，但是硅藻泥本身的结构是纳米的蜂窝状结构，他的吸附性要比活性炭高300倍，一旦用水擦拭可能就会直接吸附到分子结构中去，起不到清洁的作用。
*灰尘处理比较麻烦，硅藻泥本身能够吸附和分解空气中的灰尘等有害物质，如果长时间不进行清理，会把墙壁的颜色改变，令家居环境变得肮脏不堪，所以硅藻泥墙壁要经常清理，灰尘直接用鸡毛掸子清扫就可以了，不会很麻烦。